Учёные Московского физико-технического института (МФТИ) объявили о двукратном увеличении производительности энергоэффективного суперкомпьютера - до 83,14 TFLOPS (триллионов операций в секунду)! Теперь исследователи смогут проводить более масштабные эксперименты, точнее моделировать поведение вирусов и в будущем создавать новые лекарства. Например, для лечения таких тяжелых нейродегенеративных заболеваний, как болезнь Альцгеймера.

Лаборатория суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-SCALARE (Intel super computer applications laboratory for advanced research) была создана на базе МФТИ по инициативе доктора технических наук Владимира Пентковского, известного разработчика программно-аппаратных архитектур.

"Прокаченный" суперкомпьютер будет введен в строй уже в этом году. Машина теперь будет состоять из двух вычислительных стоек, содержащих в сумме 224 вычислительных узла на базе двух процессоров нового поколения Intel® Xeon® E5-2690 каждый (всего 448 процессоров, 3584 ядра). 

Использование самых высокопроизводительных моделей процессоров нового серверного семейства Intel® Xeon® E5-2600 стало возможным благодаря применению передового жидкостного охлаждения. При этом обеспечивается поддержка большого объема оперативной памяти на один узел – 64 ГБ, что суммарно составляет 14,3 ТБ ОЗУ для всей системы.

Актуальность исследований, проводимых на базе лаборатории I-SCALARE, состоит в том, что прорывы в сфере новых методов медицинской диагностики, лечения, создания новых лекарств возможны только с развитием новых вычислительных моделей и платформ.

За время использования суперкомпьютера в лаборатории I-SCALARE уже достигнут целый ряд новых научных результатов.

Исследовательская группа под руководством профессора Романа Ефремова при Институте биоорганической химии РАН использует вычислительный кластер в МФТИ для исследования в области конструирования нового класса антимикробных соединений на основе природных лантибиотиков.

В ходе развития данного проекта, проведения расчетов и моделирования получены микросекундные траектории молекулярной динамики (МД) мишени действия антибиотиков (молекулы липида-II) в мембране бактерий.

Использование обновленного суперкомпьютера лаборатории I-SCALARE позволяет получать траектории такой длительности для систем, содержащих свыше 50 тыс. атомов, примерно за неделю. Для сравнения, на вычислительном кластере на базе процессоров предыдущего поколения Intel® Xeon® E5450 подобный расчет занимал бы примерно 100 дней.

В перспективе такие биомедицинские исследования могут привести к созданию нового класса антибиотиков, не подверженных появлению резистентности у бактерий.

По материалам журнала "Наука и жизнь".

Другой текст по теме:

В РАН построят самый мощный в России суперкомпьютер.